مستند خلیج کوچک داستان واقعی و شگفت‌انگیز گروهی از افراد نخبه، فیلم‌سازان و غواصان آزاد را روایت می‌کند که ماموریتی مخفیانه را برای نفوذ به یک خلیج پنهان در ژاپن آغاز می‌کنند تا پرده از رازی تاریک و مرگبار بردارند. اکتشافات تکان‌دهنده آن‌ها تنها مشتی نمونه خروار بود.

یک تیم غیرمنتظره از فعالان و نوآوران، مأموریتی جسورانه را برای نجات گونه‌های در حال انقراض آغاز می‌کنند.